1801 წელს რუსეთის იმპერატორმა ალექსანდრე I-მა ხელი მოაწერა მანიფესტს, რომლის მიხედვითაც საქართველოს მრავალსაუკუნოვანმა სახელმწიფოებრიობამ არსებობა შეწყვიტა. 1811 წელს გააუქმა ეკლესიის ავტოკეფალიაც და იგი რუსეთის სინოდს დაექვემდებარა.

ქართველი საზოგადო და რელიგიური მოღვაწეების ბრძოლა ავტოკეფალიის აღდგენისათვის წარმატებით დასრულდა და 106 წლიანი იძულებითი პაუზის შემდეგ, 1917 წლის 12 (25) მარტს მცხეთის სვეტიცხოვლის ტაძარში შეკრებილმა ქართველმა სამღვდელოებამ, საგანგებო საეკლესიო კრებაზე აღადგინა ქართული მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალია და კვლავ შემოიღო საპატრიარქო მმართველობა. საქართველოს ეკლესიის პატრიარქი დიდი ქართველი საეკლესიო მოღვაწე, კირიონ II გახდა.

1990 წელს კი, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის, ილია II-ის დიდი მცდელობით, მსოფლიოს საპატრიარქომ ოფიციალურად ცნო და აღიარა საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალურობა.          

რელიგიის საკითხთა სახელმწიფო სააგენტო ულოცავს საქართველოს სამოციქულო ავტოკეფალურ მართლმადიდებელ ეკლესიას, საქართველოს  ყველა მოქალაქეს ამ უმნიშვნელოვანეს დღეს. საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენა სახელმწიფოებრივი დამოუკიდებლობის მნიშვნელოვანი შემადგენელი ნაწილია.